La Cámara Nacional Electoral, a partir de las reformas introducidas por la ley 27.504, instituyó dentro del tribunal, una Secretaría dedicada exclusivamente a la competencia penal.
Dicha norma establece una nueva competencia a esta Cámara, instaurándola como tribunal de alzada en los casos de delitos electorales que tengan prevista pena privativa de la libertad y aplicación del Código Penal de la Nación u otras leyes especiales y complementarias.
Entre las funciones de la nueva Secretaría, se destaca la registración y seguimiento de las causas sobre faltas y delitos que tramiten bajo el procedimiento previsto en Código Procesal Penal de la Nación; la coordinación con el Ministerio Público Fiscal para establecer pautas de trabajo; la elaboración y seguimiento de un registro de delitos y faltas electorales del país; la coordinación y capacitación de referentes designados para la materia penal en las secretarías electorales de los Juzgados Federales con competencia electoral y la creación de manuales de trabajo de buenas prácticas.